1980年，垓下遗址被固镇县人民政府公布为县级文物保护单位。
1986年7月3日，安徽省省政府以皖政字51号文件批准濠城集垓下遗址为省级重点文物保护单位。
2007年，为制作垓下遗址文物保护规划，省考古所对垓下遗址进行了初步的考古解剖，了解垓下遗址的分布情况和性质。通过考古，有了重大的发现，经中国社科院考古所和安徽省考古所专家现场论断：垓下在4700年前，就是一处城址。时代为大汶口文化晚期----龙山文化早期。垓下之战古战场和汉代城址，是对早期古城的再利用。这一重大发现，填补了江淮地区无史前古城址的空白，垓下遗址古城也被专家称作大汶口文化第一城。
2010年，垓下大汶口晚期城址的发掘被评为2009年度中国十大考古新发现。
2013年，垓下遗址被公布为第七批全国重点文物保护单位。
2019年，固镇县垓下遗址旅游风景区被评为国家3A级旅游风景区。
